出力指令値と運転時間を予め設定することは可能か？

メモリモードで可能です。

メモリモードをご利用の際は、CSVファイルで予めデータを用意し、
pCUBE付属のCD内のLANコンソールソフトウェアでpCUBEへダウンロードが必要です。