直並列の設定でシステムIDを変更すると、 出力リミット値や出力保護値（プロテクト）は初期値に戻ってしまうのか？

システムIDを変更すると出力リミット値や出力保護値（プロテクト）は初期化されます。
直並列数によって各出力最大値が変わるため、変更と同時に初期化される仕組みになっています。